Az Öregember (The Old Man) azt mondta a Hercegnek: < A sorsod meg van írva. Meg fogsz halni.> Történetünk a Prince of Persia: The Sands of TimeT befejeződése után néhány évvel kezdődik. A Herceg (The Prince) hazatért Babilonba, ahol egy természetfeletti lény kezd vadászni rá, azzal a céllal, hogy elpusztítsa. Mivel arra kényszerítik, hogy rohanjon az életéért, tanácsot kér egy öreg misztikustól, aki elmagyarázza Hősünknek, hogy tettei életre hívták a Végzet halhatatlan inkarnációját, aki Dahaka (the Dahaka) néven ismert. Hogy megmentse a Szultán palotáját a pusztulástól, a Herceg egy hasadást hozott létre az Idővonalban. Dahaka által üldözött Herceg vérontással és titokzatossággal teli útra indul, és gyorsan rájön, csupán egyetlen lehetséges út van az életben maradáshoz: elutazni az Idő Homokja keletkezési helyéhez, módot találni a múltba való visszautazásra, és megállítani a Homok képződését. A Homok nélkül a Herceg utolsó kalandja nem történik meg - és Dahaka is el fog tűnni. Hősünk utazása egy elátkozott szigeten álló erőd belsejébe vezet, amely az emberiség legnagyobb félelmeinek ad otthont.